Né à proximité des pistes de ski de Flaine, Stéphane Paille découvrit le football au sein du club de l'US Marnaz puis du CS Thonon. Recruté par Sochaux, il fut rapidement considéré comme l'un des plus grands espoirs du football français. Élu meilleur joueur français de l'année 1988, vainqueur de l'Euro Espoirs la même année, tous les grands clubs lui firent la cour. Les Girondins rêvaient de reconstituer le duo Paille-Cantona à l'été 1989. Mais ce fut Montpellier qui parvint à le faire, sous la houlette d'Aimé Jacquet. Mais l'aventure tourna au fiasco.

Paille quitta en décembre 1989 l'Hérault pour venir renforcer la ligne offensive girondine, déjà bien pourvue avec Allofs, Den Boer et Ferreri. Désiré par Bez et Couécou, il n'entra pas dans les plans de Goethals. Le Sorcier Belge qui désirait plutôt un attaquant  jouant en profondeur comme Tibeuf ou Divert, ne lui donna que des bouts de matches. Même si l'équipe termina vice-championne de France, Paille décida de partir en juin 1990 au FC Porto.

Mais l'histoire de Paille à Bordeaux n'était pas terminée. Ses deux excellentes années au SM Caen persuadèrent, en 1993, les Girondins de refaire appel à lui. Sans en faire un titulaire indiscutable, Rolland Courbis l'alignera 38 fois toutes compétitions confondues, avec 12 buts à la clé. Les Girondins terminèrent à une belle 4^ème place, qualificative pour la coupe d'Europe.

Malgré cette saison plus que convenable, Stéphane Paille décida de rejoindre l'Olympique Lyonnais. Sa carrière et sa vie laissèrent un goût d'inachevé.

Il mourut à l'âge de 52 ans ayant brûlé la chandelle par les deux bouts. Une tristesse infinie...