Débutant le football au Servette Genève, pays où travaillaient ses parents, Jean-Christophe Thouvenel y signa son premier contrat professionnel. En 1978, il fut prêté au Paris FC alors pensionnaire de D1 française. S'il accomplit une saison correcte, il retourna en Suisse, le PFC descendant en D2.
Les dirigeants bordelais flairèrent la bonne affaire et lui proposèrent de faire un essai en Gironde, vite conclu en transfert définitif. À l'orée de la saison 1979-1980, il prit immédiatement le poste de titulaire sur le côté droit de la défense, profitant de la grave blessure de Lalanne. Ce fut le départ d'un long bail dans ce couloir. Chaque saison, Toutou ne laissait aucune chance à ses concurrents et accompagna le club dans son incroyable progression de l'ère Bez-Jacquet.
Convoité très fréquemment par l'AS Monaco, il resta longtemps fidèle aux Girondins. Il fut de toutes les conquêtes (3 fois champion de France, 2 Coupes de France) et de toutes les campagnes européennes (2 fois demi-finaliste de la Coupe d'Europe). Seule la saison 1983-1984 le vit un peu moins jouer régulièrement du fait de l'arrivée de Patrick Battiston. Mais quand l'ancien Messin remplaça Marius Trésor parti à la retraite, Jean-Christophe Thouvenel retrouva sa place.
Au niveau international, Michel Hidalgo et Henri Michel lui donnèrent de rares occasions de s'exprimer. Sous le maillot frappé du coq, il ne parvint pas à supplanter la concurrence, il faut dire très relevée (Battiston, Ayache, Bibard). Mais sa victoire au tournoi olympique de Los Angeles lui apporta beaucoup de bonheur en sélection.
En 1991, âgé de 33 ans, il tourna la page bordelaise et signa au Havre pour terminer sa carrière.
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