Venu du RC Chambéry en juillet 1964, Jean-Claude Dubouil débuta très jeune avec les professionnels des Girondins. En effet deux mois plus tard, en septembre 1964, âgé de 16 ans et demi, il fut aligné par Salvador Artigas contre le Borussia Dortmund, en Coupe des Villes de Foire. Cette titularisation arrivait de son propre avis trop tôt...

Il joua également deux matches de Coupe de France mais ne foula aucune pelouse de Première division durant les mois suivants. Il attendit un nouveau rendez-vous en Coupe d'Europe, pour revêtir le maillot marine et blanc, un an plus tard, contre le Sporting Lisbonne.

Il dut attendre 1966 pour enfin découvrir la D1. Son intégration au Bataillon de Joinville pour effectuer son service militaire freina son éclosion.

En 1969, il fut prêté à Rouen entraîné alors par André Gérard, tandis que Betta et Dortomb faisaient le chemin inverse. Ce ne fut qu'à son retour à Bordeaux, en 1970-1971, qu'il s'affirma comme un titulaire à part entière, avec comme entraîneur le même André Gérard, revenu lui aussi sur les terres de ses premiers exploits. Promu capitaine à partir de 1974, il demeura un élément-clé de la défense girondine jusqu'en juin 1975.

Il quitta son club de cœur pour jouer sous le maillot du Stade de Reims. Orléans, Béziers et Dijon furent ses derniers clubs.