Formé au Sporting du Portugal, Marco Caneira connut de multiples prêts dans des clubs comme Lourinhanense, Salgueiros, Beira Mar et Alverca. En juillet 2000, il fut transféré par le Sporting à l'Inter Milan. Il ne parvint pas à s'y imposer et repartit sous forme de prêt vers Benfica.

Les Girondins le repèrent et négocièrent avec l'Inter Milan, toujours propriétaire du joueur, un nouveau prêt. Marco Caneira trouva immédiatement sa place dans l'effectif et sa polyvalence lui permirent d'accomplir 42 matches lors de sa première saison. Après des discussions compliquées avec le club lombard, Bordeaux acheta définitivement le Portugais et lui fit signer un contrat de 4 ans.

Sa seconde saison fut également pleine puisqu'il disputa 48 matches. Mais le club girondin traversa une crise de résultats et termina 12ème. Marco Caneira quitta les Girondins et signa au FC Valence, sous forme de prêt dans un premier temps (pour éviter de verser une compensation à l'Inter) puis de façon définitive.