Footballeur breton, Michel Audrain fit ses premiers pas au Cercle Paul-Bert de Guinguené. Membre de la sélection régionale de l'Ouest lors de la Coupe des cadets, il fut repéré par le SCO Angers où il fit ses débuts professionnels.
Il fut ensuite recruté par les Girondins durant l'été 1982. Barré par des joueurs internationaux (Lacombe, Müller), il fut cantonné dans un rôle de remplaçant, appelé "le joker de luxe".
Mais l'arrivée de Zénier en 1983 réduisit encore davantage son temps de jeu. Relégué sur le banc de touche voire en équipe réserve, il revint dans les petits papiers d'Aimé Jacquet, profitant en 1984-1985 des nombreuses blessures de la dernière recrue, Chalana. Il inscrivit notamment un but capital lors de la dernière journée avant la trêve hivernale, à Lille (0-1), redonnant la tête du championnat aux Girondins.
Mais en 1985, fort de deux titres de champion de France, il décida de rejoindre l'Olympique de Marseille, en compagnie de son coéquipier Antoine Martinez, désireux enfin de devenir titulaire en D1.
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