Formé au FC Nantes, Stéphane Ziani débuta sa carrière professionnelle en 1991. Il porta ensuite les couleurs de Bastia puis de Rennes avant de rejoindre les Girondins de Bordeaux en juillet 1996.

Finaliste de la dernière Coupe de l'UEFA, Bordeaux était en pleine reconstruction quand Ziani déposa son baluchon en Gironde. Sous la houlette de Rolland Courbis, le petit meneur de jeu réalisa une saison pleine aux côtés de Johan Micoud, également nouveau venu sous le maillot au Scapulaire. Les Girondins terminèrent 4^ème et perdirent en finale de la Coupe de la Ligue. Après une seule saison, perturbé par l'annonce du départ de Courbis, il quitta Bordeaux pour s'engager avec le RC Lens, désiré ardemment par l'entraîneur lensois, Daniel Leclercq. Bien lui en prit puisqu'il fut champion de France la saison suivante...

Mais l'histoire de Ziani à Bordeaux n'allait pas se limiter à cette seule saison. Sacrés champions de France quelques semaines plus tôt, les Girondins, et leur nouvel actionnaire M6, recrutèrent leur ancien milieu, parti à La Corogne. Il fit le voyage depuis la Galice avec Jérôme Bonnissel. Durant cette saison 1999-2000, Ziani fut victime dès la fin du mois d'août d'une fracture du péroné. A son retour, il dut partager son temps de jeu avec Corentin Martins, Johan Micoud étant indiscutable. Il joua néanmoins 32 rencontres toutes compétitions confondues, avant de retourner dans son club formateur en juin 2000.

Il retenta également l'aventure à l'étranger, au Servette Genève en 2004, avant de finir sa carrière à Bastia puis à l'AC Ajaccio.