Arrivé aux Girondins dans les bagages de Zinedine Zidane, avec Jean-François Daniel, Eric Guérit participa à la reconstruction du club bordelais sous la houlette de Rolland Courbis.

Rarement annoncé comme titulaire en début de saison, il réussit durant deux saisons à déjouer les pronostics et à figurer très souvent sur le terrain.

Lors de sa dernière saison, il fut contraint d'interrompre sa carrière de joueur. Il subit une double intervention chirurgicale (extraction d'une tumeur, curetage) qui mit fin à sa carrière.

Missionné par Alain Afflelou, il remplaça au pied levé l'entraîneur portugais Toni, à la fin du mois de mars 1995, à 8 journées de la fin du championnat. 

Éric Guérit reste comme le joueur-surprise convoqué en novembre 1988 par le nouveau sélectionneur, Michel Platini. Le Niçois ne rentra pas en cours de match et ne fut plus jamais appelé en équipe de France, se contentant d'une honnête carrière de D1.