Né en région parisienne, Mickaël Ciani fit ses premières armes à l'ES Colombienne, club des Hauts-de-Seine, avant de rejoindre en 2000 le RC Paris. Lors du mercato estival 2001, il choisit de s'exiler à Charleroi, bien que sur les tablettes de Marseille et de Sochaux. Mais l'assurance de jouer en équipe première et de signer un contrat professionnel expliquait ce choix de carrière.

Fort de belles prestations en Belgique, il revint par la suite plein d'espoirs, dans le championnat de France, à Auxerre. Mais en Bourgogne, il resta cantonné à l'équipe réserve, ne disputant aucun match de L1. Il rejoignit alors Sedan puis Lorient, où il se tailla une réputation de défenseur central puissant et athlétique. Lorsqu'il débarqua à Bordeaux en 2009, il avait donc déjà bien bourlingué.

Engagé pour pallier le départ de Souleymane Diawara à Marseille, il fit des débuts remarqués avec les Girondins, notamment en Ligue des Champions (3 buts lors de la phase de poule). Il décrocha même une sélection en équipe de France. Mais toute l'équipe entraînée par Laurent Blanc, il connut une fin de saison très difficile.

Sous les ordres de Jean Tigana, il perdit sa place de titulaire. Il fallut l'arrivée de Francis Gillot durant l'été 2011 pour qu'il retrouva un bon niveau de performance et des statistiques intéressantes (35 matches et 2 buts).

Alors qu'il débuta une nouvelle saison avec les Girondins, il quitta finalement le club à la fin du mercato estival pour signer à la Lazio Rome.