Licencié aux Girondins de Bordeaux depuis l'âge de 9 ans, Zaydou Youssouf gravit tous les échelons pour arriver jusqu'à l'équipe professionnelle. En novembre 2016, Jocelyn Gourvennec lui offrit sa première chance lors d'un match de L1 à Bastia. Il retourna poursuivre son apprentissage en équipe réserve et remporta même en 2017 un titre de champion de France avec les U19. Il fut utilisé avec parcimonie par Gourvennec.

Durant l'été 2018, il fit l'objet de convoitises de clubs européens, comme le FC Valence. Mais les dirigeants bordelais s'opposèrent à son départ. Il fréquenta de plus en plus souvent l' équipe première lors de la saison 2018-2019, marquant son premier but lors d'un match de Ligue Europa, face à Ventspils.

Mais en juillet 2019, les nouveaux actionnaires américains le vendirent à l'AS Saint-Etienne, avant qu'il n'ait eu le temps de s'imposer réellement sous le maillot au Scapulaire.