Passé par des petits clubs brésiliens avant de tenter sa chance au Portugal, au Martimo Funchal, Wendel retourna au Brésil en 2005, au FC Santos.

Un plus tard, il retraversa l'Atlantique pour tenter à nouveau sa chance en Europe. Cette fois-ci, ce fut aux Girondins de Bordeaux, entraînés depuis une saison par son compatriote Ricardo. La présence du technicien brésilien fut un argument de poids pour sa venue en Gironde. En effet, l'ancien défenseur parisien avait sélectionné le jeune Wendel lors d'un tournoi pré-olympique en 2004. Dès ses premiers matches en L1, il démontra tout son talent, notamment de buteur avec son pied gauche fabuleux. Rapidement, il fut considéré comme l'un des meilleurs milieux gauche de France.

Tous les supporters girondins se souviennent de son fabuleux triplé lors d'un soir de mars 2008 contre le Paris SG. Durant la saison 2008-2009, il prit une part prépondérante dans l'obtention du doublé championnat-coupe de la Ligue. La saison post-titre confirma son importance dans le collectif bordelais. Auteur de 15 buts sur cet exercice, il ne put néanmoins empêcher le fiasco de la seconde partie de saison.

Lors de sa dernière saison en Gironde, il baissa de niveau, marquant moins et ne semblant plus trop à l'aise dans le dispositif de Francis Gillot, le nouvel entraîneur.  Ses relations avec le président Triaud se tendirent également, le joueur refusant de prolonger son contrat. Aussi, lorsqu'il arriva à un an de la fin de son engagement avec les Girondins, il vit les portes grandes ouvertes devant lui. Désireux de signer un dernier bon contrat à 29 ans, il s'engagea avec le club saoudien d'Al-Ittihad.