Venu au professionnalisme tardivement, Jean-Philippe Durand se révéla au sein du Toulouse FC. L'exploit toulousain contre le Naples de Maradona braqua les projecteurs sur ce joueur doué techniquement. Les recruteurs bordelais parvinrent à l'attirer en Gironde durant l'été 1989.
Sous la conduite de Raymond Goethals, il accomplit une saison de qualité. Avec Bernard Pardo à ses côtés, il fut un des principaux artisans de la deuxième place acquise en championnat.
Sa seconde saison à Bordeaux fut moins aboutie. Aux côtés du jeune Didier Deschamps, venu remplacer Pardo parti à l'OM, il réalisa une bonne saison sur le plan individuel. Mais il fit aussi partie d'une équipe empêtrée dans les problèmes financiers du club.
Lorsque la relégation administrative fut prononcée, il signa à l'Olympique de Marseille. Il y remporta la Ligue des champions en 1993.
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