Formé au club, Gilles Barragué fréquenta les sélections de jeunes. Considéré comme un des plus grands espoirs du club, il ne parvint jamais à s'imposer. Il faut dire que derrière Dominique Dropsy et Joseph-Antoine Bell, il n'était pas simple de se faire une place.

De retour sur les terrains après une grave blessure à la main, il ne connut que la réserve des Girondins avant de partir pour Angers, où il fut essentiellement aligné avec l'équipe B. Il disputa néanmoins un match en D2 avec les Angevins en juillet 1990, contre Saint-Quentin.

Il quitta le monde professionnel et accomplit alors une carrière en amateur, au Stade Bordelais. En décembre 1995, il frôla l'exploit en Coupe de France avec le SBUC contre Angers (D2). Lors d'une épique série de tirs aux buts, les Bordelais rendirent les armes à 9-8, un certain Ulrich Ramé donnant la qualification aux Angevins. Il termina sa carrière au Pian Médoc.