Formé au SC Toulon, Marc Zanotti rejoignit les Girondins de Bordeaux en 1996, recruté par Rolland Courbis. Venu pour occuper un rôle de joueur d'appoint, avec un contrat de stagiaire, il disputa une vingtaine de matches lors de sa première saison. Une fois son mentor parti, il ne fit que de rares apparitions sous le maillot bordelais, même s'il avait été récompensé par la signature d'un contrat professionnel.

Souvent blessé, il fut également prêté à deux reprises, à Nancy (juillet-décembre 1998) puis à Saint-Etienne (janvier-juin 1999). De retour à Bordeaux, Elie Baup lui fit jouer deux matches de Ligue des Champions en 2000, contre le Spartak Moscou et à la Fiorentina. Assurément ses meilleurs souvenirs à Bordeaux...