Originaire du Nord de l'Espagne et de La Rioja, Ruben Pardo fut recruté dès l'âge de 12 ans par la Real Sociedad. Au sein du club basque, il s'affirma rapidement comme l'un des plus sûrs espoirs, fréquentant régulièrement toutes les sélections de jeunes. Il débuta à l'âge de 17 ans dans les rangs de l'équipe réserve du club basque.

Devenu un cadre de la sélection U19, il fut sacré champion d'Europe en 2011. Surveillé par le Real Madrid, il commença à fréquenter le groupe professionnel et fit ses premiers pas en Liga en octobre 2011. La saison suivante, il fréquenta assidûment l'équipe première dirigée par le Français, Philippe Montanier. Mais ce fut sous les ordres de Jagoba Arrasate qu'il obtint ses galons de titulaire lors de la saison 2013-2014. Mis en lumière par les médias espagnols comme l'une des principales révélations de la Liga, il connut malheureusement des blessures musculaires qui contrarièrent son éclosion. Le retour d'Illaramendi le poussa vers le banc. Il fut alors prêté au Betis Séville pour la deuxième partie de la saison 2016-2017, où il se requinqua. De retour à la Real Sociedad, il connut de nouveau des soucis physiques qui le tint éloigner des pelouses.

Ne parvenant pas à son retour en forme à se faire une place au sein de l'effectif basque, il fut recruté par les Girondins de Bordeaux lors du mercato hivernal 2020, sur la base d'un contrat de 2 ans et demi. Eduardo Macia, le directeur sportif du club marine et blanc, tenta ce pari qui se révéla très rapidement être un échec. Paulo Sousa et Jean-Louis Gasset ne lui firent pas confiance, estimant que son gabarit léger n'était pas compatible avec le jeu physique pratiqué en L1.

En septembre 2020, il fut prêté au club de Leganes, en Deuxième division espagnole. Une option d'achat  obligatoire en cas d'accession du club, estimée à 3-4 M€, fut incluse à ce prêt.