Débutant à La Chaux-de-fonds où il était également instituteur, Daniel Jeandupeux fut sacré meilleur buteur du championnat de Suisse en 1974, double champion de Suisse en 1974 et 1975, vainqueur de la coupe en 1973 avec le FC Zürich. L'écho de ses excellentes prestations de l'autre côté des Alpes avait dépassé les frontières. Déjà en 1973, les dirigeants bordelais avaient tenté de le faire venir en Gironde. Mais devant les exigences zurichoises, ils abandonnèrent, provisoirement, la piste. Repéré également par le Bayern Munich et le PSG, il fut finalement transféré aux Girondins en juillet 1975.

Il s'adapta très rapidement au championnat français. Associé au Danois Niels-Christian Holmström par André Menaut, il réalisa une première saison très correcte puisqu'il inscrivit 12 buts. Sa seconde saison fut plus aboutie avec 14 buts inscrits et une influence essentielle au sein du collectif marine et blanc. Les méthodes d'entraînement de Menaut lui réussirent particulièrement, notamment sur le plan physique. Il s'en inspira d'ailleurs beaucoup lorsqu'il devint entraîneur.

Mais sa carrière fut brutalement interrompue lors d'un Bordeaux-Marseille en octobre 1977, quand il se fractura le tibia.

Même s'il continua à figurer dans l'effectif marine et blanc jusqu'en juin 1979, le Suisse ne se remit jamais de cette grave blessure et dut mettre fin à sa carrière professionnelle à l'âge de 30 ans. Il essaya néanmoins de rejouer à Sion en qualité d'entraîneur-joueur avant de rallier Zürich et d'entamer sa reconversion comme entraîneur.