Quand il débarqua en Gironde en janvier 2007 après un séjour compliqué en Russie, Fernando Cavenaghi ne s'attendait sûrement pas à connaître une histoire d'amour avec les supporters bordelais.

Ses débuts furent difficiles. En surpoids et avec une condition physique très limitée, le buteur argentin joua peu et marqua peu durant les 6 premiers mois sous les ordres de Ricardo.

Opéré d'une pubalgie durant la trêve estivale, il débuta la saison 2007-2008 remplaçant. Laurent Blanc, le nouvel entraîneur, le fit sortir du banc lors des rencontres en Coupe de l'UEFA. Ses bonnes prestations dans cette compétition lui confèrent par la suite une place de titulaire en championnat. Il enchaîna les matches et commença à empiler les buts (35 matches – 21 buts).

La saison suivante, il fut régulièrement aligné à la pointe de l'attaque et participa activement à l'obtention du titre de champion de France 2009. Les mois suivants, il déclina, connut des problèmes physiques et perdit pied, comme ses coéquipiers, dans la deuxième partie de la saison 2009-1010 (28 matches – 7 buts).

En août 2010, désireux de connaître un nouveau challenge, il fut prêté au Real Majorque puis à l'Internacional Porto Alegre. Il referma définitivement le chapitre bordelais en juillet 2011 quand il repartit dans son club d'origine de River Plate.