Débutant le football au poste d'attaquant au sein du club du CS Cellois Football, tout en pratiquant également le judo et le basket, Youssouf Sabaly fut formé comme défenseur latéral à son arrivée au centre de formation du Paris SG. Ses prestations furent remarquées par les différents sélectionneurs nationaux puisqu'il porta le maillot frappé du coq dès la catégorie des U17.

Parvenu en équipe réserve du club parisien, il participa en 2013 comme remplaçant au sacre des Bleuets, champions du Monde U20, aux côtés des Pogba, Thauvin ou Kondogbia. A son retour, un contrat professionnel l'attendait. Mais barré par des joueurs chevronnés, il fut prêté à Evian TG (2013-2015) puis au FC Nantes (2015-2016).

En août 2016, ce fut à nouveau sous la forme d'un prêt sec qu'il arriva aux Girondins. Sous la conduite de Gourvennec, il accomplit une saison de très bon niveau, à tel point que les dirigeants bordelais n'hésitèrent pas à négocier son transfert définitif en juin 2017. Durant son séjour en Gironde, le défenseur sénégalais afficha une détermination de tous les instants et fut l'un des rares joueurs à surnager dans le marasme frappant les Girondins.

Arrivé en fin de contrat en juin 2021, il refusa le contrat proposé par les nouveaux dirigeants bordelais pour partir découvrir la Liga au sein du Real Betis Séville. Malheureusement, lors d'un match de préparation contre l'AS Roma, il fut sérieusement blessé.