Après des débuts victorieux dans son pays natal, au GD Maputo (champion du Mozambique), Edson Mexer, international A, gagna l'Europe et le Sporting du Portugal à l'âge de 22 ans, durant le mercato hivernal 2010. Peu utilisé dans le grand club lisboète, il fut prêté à Olhanense avant d'être transféré en 2012 au Nacional Madeira. Il y devint très rapidement un joueur-clé et fut reconnu comme l'un des tout meilleurs défenseurs centraux de Superliga.

A la recherche d'un renfort en défense centrale, le Stade Rennais jeta son dévolu sur le défenseur mozambicain durant le mercato d'été 2014. Repéré par Jean-Luc Buisine au Portugal, il connut des premières saisons chaotiques en Bretagne (blessures au genou) avant d'accomplir une saison impériale sous les ordres de Julian Stephan en 2018-2019. Le but de l'égalisation qu'il inscrivit en finale de la Coupe de France face au PSG resta dans les mémoires. 

Parvenu en fin de contrat avec les Rouge et noir, il s'engagea librement aux Girondins durant l'été 2019, pour 4 saisons. Sous le maillot bordelais, le défenseur mozambicain ne retrouva jamais le niveau aperçu au Portugal ou à Rennes. Il fut souvent la cible des supporters qui ne comprenaient le niveau affligeant de ses performances...

Il appartint ainsi à l'équipe qui plongea les Girondins en Ligue 2 à l'issue d'une terrible saison 2021-2022. Après de multiples tentatives pour le transférer, il fut finalement laissé libre et rejoignit en août 2022 le club portugais d'Estoril, espérant renouer avec ses meilleures années...