Né à Kristiansud, Stian Gregersen débuta le football dans un club de cette ville de l'ouest de la Norvège, le Clausenengen FK, club formateur de la légende norvégienne Ole-Gunnar Solskjaer. A l'âge de 16 ans, il rejoignit le centre de formation du Molde FK où il fut formé comme milieu défensif.
Son début de carrière fut marqué par des allers-retours vers Kristiansund, club de Deuxième division. Il retourna ensuite à Molde pour découvrir l'élite norvégienne et devint titulaire lors de la saison 2016-2017, une fois définitivement fixé au poste de défenseur central. Au sein de ce club, il découvrit les joutes européennes, aux côtés notamment d'un certain Erling Haaland.
Mais sa progression ne fut pas linéaire et en février 2019, il fit l'objet d'un nouveau prêt, en Suède cette fois-ci, endossant le maillot d'Elfsborg. Après ce prêt probant, il retourna à Molde à la fin de l'année 2019. Mais victime d'une grave blessure au genou, il manqua une bonne partie de la saison... De retour, il s'imposa comme un joueur majeur de la défense de Molde et connut ses premières capes en équipe nationale au printemps 2021. Ses prestations ne laissèrent pas insensibles les recruteurs, dont ceux des Girondins.
Engagé pour 4 ans à la toute fin du mercato estival en août 2021, le défenseur norvégien venait renforcer une défense bordelaise bien poreuse. Mais au sein d'un collectif en complète perdition, il ne fut que l'ombre de lui-même. Aligné à 24 reprises lors de cette saison calamiteuse, il appartint à l'équipe qui encaissa 91 buts et termina bonne dernière de L1.
Contraint de rester en Gironde et d'évoluer en L2, il devint lors de la saison 2022-2023 l'alter ego de Yoann Barbet, composant avec le capitaine bordelais une des meilleures charnières du championnat. Malgré d'excellentes prestations, il ne put aider le club à retrouver l'élite. La saison suivante ne commença pas sous les meilleures auspices, Gregersen se blessant lors de la préparation. Absent lors des premières semaines, il ne sut inverser le cours des choses et sortir les Girondins de Guion de l'ornière. Les premières semaines sous les ordres du nouvel entraîneur, Albert Riera, l'incitèrent à chercher une solution de sortie, leur collaboration devenant difficile...
Aussi, lors du mercato hivernal 2024, il quitta la Gironde pour rejoindre la MLS et le club d'Atlanta.
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