Recruté dans les rangs du Stade Montois, Jean-Claude Goyenaga ne disputa que 4 rencontres sous le maillot des marine et blanc. En avril 1973, Pierre Phelipon le titularisa lors d'un Nantes-Bordeaux pour ses débuts en D1. Il fut titularisé la semaine suivante avant de disparaître complètement de l'équipe première jusqu'en avril 1974 et un déplacement à Sedan.

Le reste de sa carrière bordelaise se poursuivit en équipe réserve, avant de rejoindre les meilleurs clubs amateurs de la région (Libourne, Villenave).