Auréolé d'une victoire en Coupe de France avec l'OGC Nice, Louis Gomis débarqua à Bordeaux en 1997 avec un contrat d'un an et deux années supplémentaires en option. Il ne joua que très peu de matches la première saison, ne parvenant pas à déloger de leur poste de titulaire Romain Ferrier puis Patrick Blondeau.

Sa seconde saison fut encore plus difficile puisqu'il ne sortit jamais du banc, plombé par des problèmes extra-sportifs. Il quitta sur la pointe des pieds les Girondins en 1999 en direction de Toulouse.