Repéré par les recruteurs du FC Sochaux dans la formation de Saint-Louis et de la sélection d'Alsace minimes, Thierry Fernier rejoignit le Doubs et son centre de formation en 1978. Il débuta en Première division avec les Lionceaux et remporta la Coupe Gambardella en 1983. 

Joueur prometteur, il répondit aux sirènes de l'ambitieux Matra Racing Paris puis rejoignit Nantes, après les déboires du club parisien. 

En 1991, il accepta de relever le défi de participer à la remontée des Girondins en D1. Il y contribua plus que prévu, inscrivant notamment 14 buts sur la saison, un total remarquable pour un milieu de terrain offensif. Meilleur buteur bordelais de la saison, il ne fut néanmoins pas retenu en 1992 par le nouvel entraîneur, Roland Courbis.

Dès lors, il s'engagea avec le promu valenciennois.