Arrivé du Gabon en 2016, auréolé d'un statut de grand espoir du pays, Aaron Boupendza intégra la réserve des Girondins de Bordeaux. Rapidement, il fit ses preuves devant le but adverse et Gourvennec, alors entraîneur de l'équipe première, le convia à la préparation estivale durant l'été 2017.

Malgré des matches amicaux assez prometteurs, promis à un temps de jeu limité, il fut prêté au FC Pau. Mécontent de se retrouver en National, il parvint à ravaler sa frustration et à accomplir une bonne saison en Béarn (2ème meilleur buteur de National).

De retour aux Girondins, il prolongea son contrat mais fut de nouveau prêté, au Gazelec Ajaccio cette fois-ci. Ne parvenant pas à s'imposer, il quitta la Corse en décembre 2018 pour rejoindre Tours. S'en suivit un nouveau prêt en D2 portugaise à Feirense lors de la saison 2019-2020.

Après la crise du Covid, il reprit l'entraînement avec les Girondins mais son comportement toujours aussi immature poussa les dirigeants bordelais à le mettre à pied après un énième incident. Le 1er août 2020, il fut libéré de sa dernière année de contrat avec Bordeaux et s'engagea dans la foulée en Turquie. Un vrai gâchis !