Originaire de Bayonne, Johaneko Louis-Jean commença à jouer au football au Labenne OSC dès l'âge de 6 ans. Puis il rejoignit les rangs de l'Aviron Bayonnais à 10 ans. Ses prestations en attaque ne restèrent pas inaperçues et il fut sélectionné au sein de la Ligue Nouvelle-Aquitaine.

Intégré au Pôle espoirs de Talence, il signa aux Girondins durant l'été 2019. Replacé en défense pour espérer franchir le cap du professionnalisme, le jeune Basque débuta en Coupe de France face à Brest, en janvier 2022, profitant des nombreuses blessures ou cas de Covid en équipe première.

Sélectionné en équipe de France U18 puis U19, il connut même la joie de découvrir la L1 lors de l'ultime match de la cauchemardesque saison 2021-2022. En Ligue 2, il n'eut pas réellement sa chance puisqu'il ne disputa que 8 rencontres. 

Prêté lors de la saison 2023-2024 au CD Lugo, club espagnol de 3ème division, il joua plus régulièrement qu'à Bordeaux. 

De retour aux Girondins durant l'été 2024, il assista impuissant à la dégringolade de son club formateur. A la recherche d'une solution pour poursuivre sa jeune carrière professionnelle, il trouva un point de chute de l'autre côté de la frontière et intégra la réserve de l'Athletic Bilbao. Suivi depuis des années par le club espagnol, du fait de sa proximité avec le Pays Basque, il signa pour deux saisons avec une option de deux autres années.