Débutant le football dans le club de Bassens, Younes Kaabouni fut recruté par les Girondins à l'âge de 12 ans. Il grimpa tous les échelons de la formation, hormis un passage par Arlac durant 2 ans, avec comme apothéose la victoire en Coupe Gambardella en 2013.
Dès la saison suivante, Francis Gillot lui offrit de rares opportunités pour s'exprimer en L1. Mais le plus souvent, il joua avec l'équipe réserve dont il fut le capitaine. Willy Sagnol crut encore plus fort en lui et le fit apparaître à 13 reprises avec l'équipe première.
En 2015, il fut prêté au Red Star mais cette expérience ne fut pas concluant. De retour dans son club formateur, il végéta en CFA2 durant deux saisons. Durant l'été 2017, il effectua un essai non satisfaisant au CSKA Sofia.
Mais l'heure du départ n'allait pas tarder à sonner. Il fut laissé libre par les dirigeants bordelais. Au chômage durant quelques mois, il rebondit au FC Sochaux en Deuxième division.
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