Débutant sa formation au FC Lorient, Yoann Gourcuff rejoignit le Stade Rennais en 2001, en même temps que son père Christian. Très vite repéré par les éducateurs du club breton, il s'invita avec une facilité déconcertante dans le groupe professionnel, conduit alors par Laszlo Boloni. Parti très jeune en Italie, il ne parvint pas à se faire une place au sein de l'effectif constellé de stars du Milan AC.

Bordeaux lui offrit alors une porte de sortie, en proposant au club lombard un prêt payant (1,4 M€). Il s'affirma très vite comme le maître à jouer de l'équipe de Laurent Blanc, enchaînant les prestations de haut niveau. Champion de France, vainqueur de la Coupe de la Ligue, désigné meilleur joueur de la L1 par l'UNFP, sélectionné en équipe de France, le Breton connut la plus belle saison de sa carrière.

En juin 2009, transféré définitivement aux Girondins pour la coquette somme de 15 M€ (record pour une arrivée), il poursuivit sur sa lancée au point d'être qualifié de « nouveau Zidane ». Bordeaux dominait outrageusement le championnat jusqu'à la trêve hivernale. Puis les rumeurs d'un départ de Laurent Blanc vers la sélection participèrent à dérégler la machine bordelaise au début de l'année 2010. Malgré une qualification en quarts de finale de la Ligue des champions, la fin de saison fut chaotique. Gourcuff ne parvint pas à redresser la barre et Bordeaux finit 6ème.

Après le fiasco de la Coupe du Monde 2010 et la non-qualification des Girondins en Ligue des champions, il demanda à être transféré à Lyon. Très souvent blessé, il ne réussit jamais à retrouver le niveau affiché lors de ses années bordelaises.