Formé au club, Jean-Luc Gautier n'eut la chance de fouler une pelouse de D1 avec les Girondins qu'une seule fois, en mai 1989, face à Caen (2-3), 45 minutes en remplacement d'Alain Roche. C'était Didier Couécou qui lui avait fait confiance.

Sa carrière se poursuivit dans de nombreux clubs de D2 ou de D3 comme La Roche-sur-Yon, Le Mans, Mulhouse, Créteil, Gazelec Ajaccio, Clermont ou Brest.