Lors de la saison 1943-1944, le championnat de France est organisé en équipes fédérales.

En effet, en juillet 1943, le colonel Pascot, commissaire aux sports du gouvernement de Vichy ordonne une nouvelle organisation du football en France :

Les 32 équipes professionnelles sont remplacées par 16 équipes fédérales. Ainsi les Girondins de Bordeaux sont dépossédés de leur section professionnelle. Leurs joueurs intègrent pour la plupart l'équipe fédérale de Guyenne.

Cette saison 1943-1944 ne fait donc pas partie de la riche histoire des Girondins de Bordeaux.