Défenseur formé au club, Jean Audebert accomplit l'intégralité de sa carrière professionnelle dans les rangs des Girondins. Après avoir brillé en équipe réserve, championne de France amateurs en 1953, il connut une trajectoire en dents de scie. Pur Bordelais, il était parfois la cible du public qui ne lui pardonnait pas grand chose...

En effet, durant cette décennie passée en Gironde, il était titulaire quand l'équipe évoluait en D2. En revanche, quand la formation bordelaise était pensionnaire de D1, il retrouvait le banc.

Ainsi il ne joua que 15 matches en D1 alors qu'il fut aligné 145 fois en D2, portant même parfois le brassard de capitaine.